C'est la partie la moins comprise par les utilisateurs, et pourtant la plus importante. C'est sur la carte mère que tous les périphériques vont être installés, et surtout, seront contrôlés par le chipset, qui est en quelque sorte le cerveau de la carte mère. C'est donc sur lui que repose la gestion du bus PCI, route utilisée par la carte son pour communiquer avec le CPU, le bus AGP, celui de la carte graphique, sans oublier l'USB, les disques durs. Bref, c'est extrêmement important. Un chipset buggé entraîne une multitude de problèmes.

De plus, aujourd'hui, de nombreux chipset intègrent des cartes sons, graphiques, carte réseau, etc. Le choix du chipset dépend de plusieurs facteurs, entre autre du CPU (on ne prend pas le même chipset pour du Intel ou du AMD), du type de RAM désirée, etc.